Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Καρπάθου βρίσκεται στα Πηγάδια και στεγάζεται σε ένα από τα τρία κτίρια του Επαρχείου και συγκεκριμένα, στη δυτική του πτέρυγα. Τα κτίρια τα ίδια είναι δείγμα της εποχής της Ιταλοκρατίας στην Κάρπαθο, χτισμένα την περίοδο μεταξύ 1926 και 1936.

Διαθέτει τρεις αίθουσες με εκθέματα, που διακρίνονται σε ενότητες ανάλογα με την χρονική τους προέλευση.

Στην πρώτη αίθουσα, εκτίθενται ευρήματα από τη νεολιθική περίοδο, ευρήματα από τη μινωική αγροικία και το μυκηναϊκό οικισμό, καθώς και από τη νεκρόπολη, με πιο χαρακτηριστικά τις λεπίδες οψιανού, τα όστρακα και το εκμαγείο λίθινου ειδωλίου γυναικείας θεότητας.

Στη δεύτερη αίθουσα περνάμε χρονικά στην ιστορική περίοδο, όπου ο κάθε επισκέπτης μπορεί να δει ευρήματα της ελληνιστικής, της κλασικής και της ρωμαϊκής περιόδου, από τις τότε ακμάζουσες πόλεις (Απέρι, Αρκέσια, Βρουκούς και Ποτίδαιον).

Στην τρίτη αίθουσα παρουσιάζονται στοιχεία από την παλαιοχριστιανική εποχή, αλλά και τη βυζαντινή και ευρήματα λαογραφικά από διάφορους οικισμούς, όπως αγγεία, νομίσματα, δείγματα αρχιτεκτονικής.

Το μουσείο είναι ανοιχτό κατά τη διάρκεια της θερινής περιόδου.