Νεολιθική Περίοδος

Τα παλαιότερα ίχνη ανθρώπινης παρουσίας στο νησί της Καρπάθου, ανάγονται στο τέλος της Νεολιθικής Περιόδου (4.000-3.000 π.Χ).

Οι πρώτοι κάτοικοι φαίνεται πως ήρθαν από την Μικρά Ασία και ήταν συγγενείς με τους Προελληνικούς λαούς που κατοικούσαν στην Κρήτη και τ’ άλλα ελληνικά νησιά (Κάρες κτλ.).

Ο πρωτόγονος Νεολιθικός Πολιτισμός της Καρπάθου συνεχίζεται και  στην 3η χιλιετία π.Χ, αλλά γύρω στα 2.000, Μινωΐτες άποικοι από την Κρήτη φέρνουν καινούργια πνοή και οικονομική άνθιση στο νησί.

Νεοανακτορική Περίοδος

Κατά τη Νεοανακτορική Περίοδο της Κρήτης (περίπου 1700-1450 π.Χ.), που είναι γνωστή και ως «Εποχή της Μινωικής θαλασσοκρατίας και του Μινωικού Αποικισμού», η Κάρπαθος φαίνεται να έχει καθαρά Μινωικό χαρακτήρα, είναι πολυάνθρωπη και αναπτυγμένη οικονομικά και πολιτιστικά.

Ο ιστορικός Διόδωρος Σικελιώτης αναφέρει ως πρώτους κατοίκους της Καρπάθου τους Κρητικούς, που έστειλε ως αποίκους ο βασιλιάς Μίνωας, τον καιρό της θαλασσοκρατίας του.

Ακολούθησαν, αργότερα, Αργίτες (προφανώς Μυκηναίοι) άποικοι, με αρχηγό τον Ιοκλό, γιο του Δημολέοντα.

Ομηρικά χρόνια

Τόσο ο Όμηρος, όσο και τα αρχαιολογικά δεδομένα, επιβεβαιώνουν την παρουσία των Αχαιών (Ελλήνων Μυκηναίων) στο νησί, αν και ο Μινωικός χαρακτήρας του Πολιτισμού του εξακολουθεί μέχρι το τέλος της Εποχής του Χαλκού.

Στην Τρωική εκστρατεία, η Κάρπαθος παίρνει μέρος, υπό τις διαταγές των Ηρακλειδών Φειδίπου και Αντίφου.

Αρχαϊκή Περίοδος

Δεν υπάρχουν στοιχεία για την τύχη του νησιού από το τέλος της Εποχής του Χαλκού μέχρι την Αρχαϊκή Περίοδο.

Ο Δωρικός πληθυσμός φαίνεται πως κυριαρχεί τότε στο νησί και οι τέσσερις πόλεις που υπαινίσσεται ο Στράβωνας μπορεί να υπήρχαν από την Αρχαϊκή Περίοδο, αν όχι παλαιότερα.

Τα Πηγάδια ήταν στην Αρχαιότητα, όπως και μέχρι πρόσφατα, το επίνειο της πόλεως Καρπάθου (σημερινού Απερίου) και ονομάζονταν Ποσείδιον.

Οι άλλες τρεις πόλεις ήταν η Αρκέσεια, κοντά στην σημερινή Αρκάσα, η Βρυκούς (σημερινή Βρουκούντα, στα ΒΔ της Καρπάθου) και η Νίσυρος, που ίσως βρισκόταν στα σημερινά Παλάτια της Σαρίας.

Η Σαρία ήταν, στην αρχαιότητα, ανεξάρτητη από την Κάρπαθο και ονομαζόταν Σάρος. 

Μετά το 478 π.Χ. η Κάρπαθος γίνεται μέλος της Α’ Αθηναϊκής Συμμαχίας,  όπως φαίνεται από τους φόρους που πλήρωναν οι πόλεις της στο Συμμαχικό ταμείο.

Το 404, με τη λήξη του Πελοποννησιακού Πολέμου, υποτάσσεται στους Σπαρτιάτες, αλλά ύστερα από τη ναυμαχία της Κίνδου (394 π.Χ) επανέρχεται στους Αθηναίους και αργότερα, γίνεται μέλος της Β’ Αθηναϊκής Συμμαχίας.

Κλασική-Ελληνιστική Περίοδος

Στην Κλασική και Ελληνιστική Περίοδο, η Κάρπαθος παρουσιάζεται οικονομικά ζωντανή και πολιτιστικά ακμαία. Τούτο μάλλον οφείλεται, κατά μεγάλο μέρος, στις πολιτιστικές και οικονομικές σχέσεις που αναπτύσσει με τις πόλεις της Ρόδου, κυρίως με την Λίνδο.  Μεγάλο μέρος του νησιού, αν όχι ολόκληρο, αποτελούσε μέρος του Ροδιακού ή, πιο συγκεκριμένα, του Λινδιακού κράτους.

Η κυριότερη πόλη του νησιού ήταν προφανώς η Κάρπαθος, που πιθανότατα, βρισκόταν στο σημερινό Απέρι.

Το χωριό αυτό φαίνεται πως εξακολούθησε να είναι η πρωτεύουσα της Καρπάθου στα μεταγενέστερα χρόνια.

Ρωμαϊκή περίοδος

Με την υποταγή της στους Ρωμαίους, η Κάρπαθος αποκτά μεγάλη στρατηγική σημασία, αφού αποτελεί τον έναν από τους τρεις μεγάλους ναυστάθμους της Ρώμης στη Μεσόγειο.

Τη θέση αυτή θα την κρατήσει και αργότερα, επί Βυζαντινής αυτοκρατορίας: Οι πηγές αναφέρουν χαρακτηριστικά ότι τα πλοία του ναυστάθμου της Καρπάθου οδηγούν το Νικηφόρο Φωκά στην Κρήτη το 961 μ.Χ.

Επί Διοκλητιανού (284-305 μ.Χ) εντάσσεται στην «Επαρχία των Νήσων» (Provincia Insularum) και επί Ηρακλείου (610-641) στο θέμα της Κρήτης.

Πειρατές

Ακολουθούν τρεις περίπου αιώνες (μέσα 7ου μέχρι μέσα 10ου μ.Χ) παρακμής και ερήμωσης.

Πειρατές από τη Βόρεια Αφρική και την Ασία σκορπούν τον τρόμο και τον όλεθρο στους παραλιακούς οικισμούς που εγκαταλείπονται. Τη θέση των τελευταίων παίρνουν τα μεσαιωνικά ορεινά χωριά που διατηρούνται μέχρι σήμερα.

Μεταξύ 1204 και 1312, η Κάρπαθος γίνεται αντικείμενο ανταγωνισμών ανάμεσα σε Βυζαντινούς, Γενοάτες, Ιωαννίτες Ιππότες και Βενετσιάνους, που τη διεκδικούν, καθένας για λογαριασμό του.

Οι τελευταίοι, με τον Αντρέα Κορνάρο, επικράτησαν τελικά και παρέμειναν άρχοντες Καρπάθου και Κάσου μέχρι το 1538, οπότε ο Χαϊρεντίν Βαρβαρόσσας καταλαμβάνει τα νησιά για λογαριασμό των Τούρκων.

Τουρκοκρατία

Τον καιρό της Τουρκοκρατίας, το Απέρι συνεχίζει να είναι η Πρωτεύουσα, μέχρι το 1892, οπότε τη θέση του πήραν τα σημερινά Πηγάδια.

 Στα 1821, η Κάρπαθος επαναστατεί και παίρνει μέρος στον αγώνα της ανεξαρτησίας.

Με το τέλος, όμως, της Επανάστασης παραμένει, μαζί με τα άλλα Δωδεκάνησα, τμήμα της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, αφού για δέκα χρόνια περίπου χρόνια πάλαιψε για τη λευτεριά κι ανέπνευσε τον αέρα της ανεξαρτησίας.

Στα 1912, την Τουρκική κατοχή διαδέχεται η Ιταλική.

Το 1944, οι Καρπάθιοι ξεσηκώνονται ενάντια στους Ιταλούς και καλούν τους Άγγλους συμμάχους που καταλαμβάνουν το νησί.

Τον Μάρτιο του 1948, η Κάρπαθος, μαζί με τα υπόλοιπα Δωδεκάνησα, ενσωματώνεται στην Ελλάδα.